Quelques semaines, c'est tout ce qui avait fallut aux Lyoko-Guerriers ainsi qu'a XANA pour vaincre cette organisation sombre nommée WAZA. Néanmoins, cette dernière avait atteint partiellement son but, elle était parvenue à prendre le contrôle de deux territoires de Lyoko et sur Terre, tous les endroits où les éléments de la forêt et de la glace étaient présents étaient remplis de failles menant directement à Lyoko. Des personnes complètement innocentes commencèrent à être aspirer dans ces failles et à poser leurs pieds sur Lyoko ne comprenant que vaguement ce qu'il se passait. Ils sont appelé les Guerriers Alpha. Ils n'ont pas encore effectuer d'attaque sur le monde virtuel mais entreprennent de détruire XANA – qui est parvenu a échapper à la vigilance des Lyoko-Guerriers - mais aussi tous les autres Guerriers présents. Ils ne veulent pas prendre le contrôle de Lyoko mais estiment que les deux autres camps sont fautifs. A peine WAZA est-elle vaincue qu'une jeune Lyoko-Guerrière se fait enlevée par XANA et emmenée au cinquième territoire. Ses amis doivent la sauver mais ils n'ont pas été prévenus de la situation. En attendant, d'autres Guerriers font leur apparition au collège Kadic dissimulant leurs sombres intentions... choisissez votre camp et prenez par à cette lutte.